Die Nationalflagge ist die offizielle Flagge des Staates, unter dessen Flagge ein Schiff registriert ist. Sie wird auch als “Nationale” bezeichnet und zeigt die Staatsangehörigkeit des Schiffes an, nicht zwangsläufig die des Eigentümers. Jedes Schiff muss seine Nationalflagge führen, meist am Heck oder am Flaggenstock. Die internationale Seefahrtsordnung regelt Größe und Position der Flagge. Sie dient der Identifikation und zeigt an, welches Recht an Bord gilt. Auch in internationalen Gewässern herrscht das Recht des Flaggenstaates.
In fremden Gewässern ist es üblich, zusätzlich zur eigenen Nationalflagge eine Gastlandflagge zu setzen. Diese wird als Höflichkeitsflagge am Steuerbord-Saling gehisst und zeigt Respekt gegenüber dem besuchten Land. Die Nationalflagge hat auch symbolische Bedeutung und repräsentiert die maritime Tradition und Identität des Flaggenstaates. Bei offiziellen Anlässen oder beim Einlaufen in Häfen wird sie besonders würdevoll gesetzt. Moderne Flaggenstaaten wie Panama oder Liberia registrieren viele Schiffe unter ihrer Flagge, auch wenn die Eigentümer aus anderen Ländern stammen. Dieses System ist als als “Billigflagge” bekannt.