Der Heimathafen bezeichnet in der Schifffahrt den Hafen, in dem ein Schiff offiziell registriert ist. Er wird auch als Port of Registry bezeichnet und muss im Land der Schiffsflagge liegen.
Bei registrierungspflichtigen Schiffen enthält das Schiffsregister neben den Schiffsdaten und Eigentümerangaben auch den Heimathafen. Dieser hat sowohl rechtliche als auch steuerliche Bedeutung, da hier die Anmeldepflichten und Abgaben geregelt sind. Bei nicht registrierungspflichtigen Sportbooten gilt der Hafen mit dem ständigen Liegeplatz als Heimathafen. Fehlt ein fester Liegeplatz, wird der Wohnsitz des Eigentümers als Heimathafen betrachtet.
Der Heimathafen wird traditionell zusammen mit dem Schiffsnamen am Heck angebracht und dient als Herkunftsnachweis. Diese Kennzeichnung ist bei den meisten Schiffen vorgeschrieben und erleichtert die Identifikation durch Hafenbehörden. Neben den administrativen Funktionen hat der Heimathafen auch symbolische Bedeutung als “Zuhause” des Schiffes.
Viele Schiffe kehren regelmäßig in ihren Heimathafen zurück, sei es für Wartungsarbeiten, Überwinterung oder als Ausgangspunkt für neue Reisen.